■ 1958年、当時まだ国交のなかった日本での伝道のため崔奉春（日本名:西川勝）を密入国させ[139]1959年[140] 10月[139] に日本統一教会を立ち上げ、1964年には東京都知事の認証で宗教法人となった[139][140]。1960年代初めには立正佼成会の庭野日敬会長（当時）の指示で統一教会の教えを学んでいた立正佼成会の青年部の信者50名ほどが統一教会に転じ、2年後に日本の会長になった久保木修己をはじめ、後に教団幹部となる者が出た。

日本において最初に問題になったのは原理研究会であった。大学生の子どもの様子がおかしい、ホームや教会に寝泊まりしながら販売活動や募金活動や布教活動に奔走しており、家に戻れと言っても言うことを聞かず、原理研究会や統一教会の批判をすると血走った尋常ではない目で反論して来る、果ては大学を中退し、合同結婚式に参加する[141]。これを朝日新聞が1965年7月7日に「親泣かせの原理運動」と報じた[142] のが皮切りである。

1967年9月[141] には、自分の子供は洗脳を受けたから家出したと考える親たちが「原理運動対策全国父母の会」を結成[141][142] し、教団本部に対し

原理運動のために家出する者を「すばらしい」とほめて、家庭を破壊するような指導をやめる[141]
学業を続ける者を「罪悪なり」とする大学の原理研内の風潮を改める[141]
子女に無理な献金を強要し、無報酬労働をさせない[141]
などの9項目を申し入れた[141] が効果はまるでなかった[141]。

1977年6月に早稲田大学で反原理運動が始まり、全国に広がった[142]。

1980年代からは印鑑、壷、多宝塔、高麗人参濃縮液等の販売の比重が高まり[142]、「マインドコントロールで一般の人を信者とし、霊感商法などで金をだまし取る」と批判を浴びて社会問題化し有名になった。


日本統一教会は資金面でも人材面でも世界の統一教会の供給源になっている[139]。赤旗社会部は、経済活動で得た金の大半を文鮮明に送金、その額は一時年間約1億ドル（当時のレートで約240億円）に達してその私腹を肥やした他、その反共右翼政治活動の資金源となっていたと述べている[139]。また赤旗社会部は、信者は言葉も分からないまま外国へ送られ花売りやキャンデー売りをさせられ、場合によっては観光ビザで入国して現地の系列企業で働き国外退去を命じられた例もあり[139]、美人の女性会員を動員して対米議会工作に当たらせたとも言われ、元会員の証言では文鮮明が日本の女性会員を集めて「君たちを各国大使の貢ぎ物にする」と語ったことがあると述べている[139]。